第一条线索，马克思主义政治经济学的中国化、时代化、大众化，这是一条主线。中国的经济发展是中国共产党领导的，是各级政府推动的，这是中国独特的政治经济关系在经济发展实践中的表现。中国共产党是以马克思主义为指导思想的政党，政治经济学是马克思主义的重要组成部分，马克思主义政治经济学是中国经济发展的指导思想。正是因为这样，我们党的历届领导集体都非常重视对马克思主义政治经济学的学习和运用。我们党的历届领导人也都为马克思主义政治经济学的中国化、时代化、大众化做出了重大贡献。这方面的研究成果已经有一些了，比如逄锦聚等著的《马克思主义中国化进程中的经济学创新》、孙居涛著的《马克思主义经济理论中国化基本问题》，等等。
第二条线索，理论界、学术界对政治经济学问题的讨论和研究。经济学的生命力在于对中国经济发展事实的关注，经济发展的实践又需要经济学理论的研究和指导。在中国社会主义经济建设过程中，理论和实践以种种形式在互动中相互促进，尽管学术研究成果不可能直接地对经济实践发挥作用，但是通过影响党和政府的决策在间接地发挥着独特的功能。所以，理论界和学术界的研究是我们研究中国特色社会主义政治经济学历史过程中必须关注的一条线索。比如20世纪50年代斯大林《苏联社会主义经济问题》传到中国后引发的对过渡时期中国基本经济规律的大讨论；1956年开始掀起的关于计划与市场、商品、价值问题的探索和讨论，20世纪60年代初关于社会主义再生产、经济核算和经济效果问题的讨论；1979年价值规律作用问题的大讨论；1984年的“莫干山会议”关于价格问题以及其他经济问题的讨论；1985年“巴山轮”会议关于宏观经济管理问题的讨论；20世纪90年代关于市场经济体系理论的讨论；等等。在这方面也有很多研究成果，我们中国社会科学院经济研究所张卓元先生一直在做这方面的研究，他的《新中国经济学史纲（1949—2011）》值得关注这个问题的同志阅读。
第三条线索，国外经济学说的引进和它们发挥作用的情况。中华人民共和国成立前就有学者引进国外的一些经济学说。但是改革开放前引进的国外经济学说都是被定性为资产阶级经济学说，是作为批判的靶子来使用的。改革开放以后，随着工作中心向经济建设的转移，由于经济建设的需要，尤其是为了满足市场经济知识的供给，有些学说逐渐被介绍到国内，并逐渐影响到决策。比如上面说的1985年“巴山轮”会议，这次会议的标志性成果就是把西方经济学说中的宏观经济管理理论引入了中国，宏观经济学就是从那个时候开始在中国流传的，既进入了决策层，也成为高校的重要课程。一些经济学论坛开始在西方经济学的框架和语境下展开。可以说，在此之前，中国的经济问题过去都是在马克思主义政治经济学的框架下展开的，从此以后就突破了原有的思维框架。不仅宏观经济学进来了，微观经济学也随之引进来了。于是所有制的讨论就演变成了产权问题的讨论，工厂问题的讨论就变成了公司问题的讨论。这条线索也是研究中国特色社会主义政治经济学史必须关注的问题。要认真研究国外经济学说的引进与中国经济发展的互动关系。这方面的研究总体上看成果不是很多，深度挖掘更是不够。《中国社会科学内部文稿》2016年第1期发表的由谢富胜教授等翻译的一篇文章值得大家阅读，这篇文章的作者是美国经济学家史蒂夫·科恩，文章题目是《西方新自由主义经济学如何主导了中国的经济学教育？》。
第四条线索，中国传统文化是如何在中国经济发展过程中起作用的。如果说上面三条线索在中国经济发展过程中都是比较明显起作用的因素的话，那么这条线索作为一种潜话语起到了更深层的作用。这提示我们，在中国特色社会主义政治经济学历史的研究中，必须注意中国传统文化的作用问题。也就是说，中国的经济发展在几十年的时间里取得的举世瞩目的成就，其中也有中国传统文化的作用，这是一种经济发展的文化基因。关于这方面的研究还是十分缺乏的。我们要挖掘这种起潜移默化作用的潜话语发挥作用的机制。上面所讲的三条线索，无论是马克思主义政治经济学的中国化、时代化、大众化，是经济问题的学术讨论和理论研究，还是西方经济学的引进，这些都是显话语，都是在理论研究、政策制定中直接说出来的东西，而在运用这些显话语的时候，作为文化心理起根本作用的东西恰恰是那些直接附着在中国人身上的甚至连当事人自己都无法察觉的传统文化。习近平总书记在党的十八大以后反复强调文化问题，号召我们要重视传统文化的作用，要求大家在全面建成小康社会和推动中华民族伟大复兴的现代化进程中树立文化自信，并且明确提出了中国文化发展要坚持“创造性转化、创新性发展”的方针，根本原因就是他真正认识到了民族文化在民族发展中的根本作用。比如说，马克思主义政治经济学作为一个思想理论体系，我们有教科书可以学习；我们引进了宏观经济学和微观经济学，引进的就是一些教科书，我们可以花时间阅读；对重大经济问题进行大讨论，讨论各方都有什么观点，我们可以读他们的文章。这些都是显话语，只要阅读就能弄明白。但是隐藏在中国人行为背后的潜话语，就不那么易懂了。什么是潜话语呢？也很难给它下一个明确的定义。一句话说，就是只能意会不能言传的东西，就是隐藏在中国人行为中对中国经济的发展时刻都在起作用但又很难表达出来的实实在在存在的东西，就是中国文化传统的智慧。有一个现象不知大家有没有思考过：改革开放后，在第一批企业家中，有很多人并没有什么文化，有的人甚至连字都不认识，但是他们创办了大企业，而且企业一直在与时俱进地发展。我读过邓正来先生的很多书和文章，他是研究法理学的大家。但是，他在去世前发表了好几篇与法理学不相干的文章，谈的是中国人的生存智慧问题。我看到这些文章时感到奇怪：怎么研究法理的学者在讲中国人的生存智慧呢？看来邓正来先生在研究法理的过程中也体会到了中国文化的潜话语对法理问题的影响。我在新疆喀什地区当宣传部部长的时候，请清华大学的胡鞍钢教授到喀什授课，在陪同调研过程中他谈到人的知识发展的三个阶段：经验、知识、理论。我说，还有一个更重要的阶段：智慧。当然了，并不是有了经验、有了知识、有了理论，就一定有智慧，获得智慧也未必都要经历前面三个阶段。我认为，那些没有文化知识却能在实践中取胜的企业家，包括那些在各个领域的没有文化知识的成功者，都有着常人所没有的智慧。我在这里讲这个问题，目的是引起大家的思考，强调进行中国特色社会主义政治经济学的发展历史的研究必须把中国文化基因作为一个重要的维度。中国改革开放40年，起基础作用的还是中国智慧，表达系统好像使用了很多西方经济学的话语，但是实际的思维运作的方式却是中国的，这就是西方经济学解释不了中国的经济实践的根本原因。
在中国特色社会主义政治经济学发展历史中，这四条线索都以各种方式和途径在起作用，这种起作用的机制是奠定在实践基础上的非线性互动，中国的经济实践是这个互动的基础。在这四条线索中，马克思主义政治经济学的指导是主线，起主导作用。