关于方法论，里面涉及的内容会非常多，这里我只讲一个主要的方面。
从一定意义上来说，传统社会主义政治经济学理论里存在一个巨大的理论矛盾。长期以来，我们对历史唯物主义的理解更多地是从唯物主义这个角度来理解的，辩证法体现得不够。从唯物主义出发来理解，更多地强调的是物质生产力对于生产关系和上层建筑的决定作用。用这样的一种理解来解释我们为什么改革开放，为什么发展非公有制经济，为什么搞市场经济，都是用生产力落后来解释的。可是我们在理论上没有贯彻同一个逻辑来解释另外一个问题，就是为什么搞公有制，为什么搞社会主义。既然生产力落后是一个前提，为什么从生产力落后能够推出两个不同的东西，一个是公有和社会主义，一个是非公有和市场经济？显然这里存在理论逻辑的问题。如果从更深层的意义来看，从历史的角度来看，我们进行社会主义改造的时候，当时的生产力发展水平显然还是非常落后的，仅仅用生产力发展水平来解释为什么要建立公有制，在理论上是缺乏足够的说服力的。所以，在理论上必须进行新的探索。
之所以产生上面的理论问题，是因为我们过去对历史唯物主义的理解存在片面性，过于机械地强调了生产力对于生产关系和上层建筑的决定作用，而没有能够从中国实际出发，全面认识生产力与生产关系、经济基础与上层建筑之间的能动的辩证关系。如何用一套统一的理论和逻辑解释清楚中国为什么既要发展公有制经济和社会主义，又要发展非公有制经济和市场经济，从而给中国特色社会主义提供一个完备的理论解释，是中国特色社会主义政治经济学必须解决的重大理论课题。这就需要在历史哲学方面有所创新，突破原来的理解。过去对于生产力与生产关系、经济基础与上层建筑之间的关系的理解，多是一种单向式的理解，也就是单向强调生产力对于生产关系以及经济基础对于上层建筑的决定作用，这很不够。我们要从中国社会主义实践出发去寻求新的理论解释，这就涉及对于历史唯物主义的重新理解问题。
众所周知，马克思是通过批判黑格尔法哲学理论以及对于历史的研究这两个方面建立起来的。一般认为，历史唯物主义理论揭示了人类社会发展的一般规律。但是不能把人类社会发展一般规律等同于特定历史阶段的发展规律。生产力对于人类社会形态的更替、发展具有终极的基础作用，这是马克思主义的理论常识。但是，为什么我们学界还有人在争论，到底是生产关系决定生产力，还是生产力决定生产关系呢？问题出在哪？问题出在一个是从整个人类历史来看的，一个是从当前社会发展的一定阶段来看的。实际上这里讨论的是两个不同的问题，而不是一个问题。从人类历史发展的全部过程角度来讲，生产力是生产关系的基础，这没有错，但是从我们现实的实际发展来看，生产力是怎么发展的？没有一定的生产关系和调整及其对生产力的能动作用，生产力能够孤立地发展吗？所以，需要从辩证法的角度出发去理解，从生产力与生产关系、经济基础与上层建筑的辩证关系出发去理解。历史唯物主义并没有给我们一个唯生产力论，强调生产力的终极作用是对的，但不能是唯生产力论。关于这一点恩格斯晚年做了很多解释，核心意思就是应该辩证地去看社会的发展，不能形而上学地看问题。不能因为强调生产力的终极作用就去否定生产关系的能动作用，也不能因为强调生产关系的能动作用又滑向了历史唯心主义。从中国现代史的角度看，我们应该强调生产关系对生产力的能动作用，强调上层建筑对于经济基础的能动作用。这一点确立以后，我们再去理解中华人民共和国成立以来的整个历史过程就非常清楚了，因为这样的理解符合中华人民共和国成立以来的历史实际。假如不是这么理解，死搬生产力决定论，就会产生理论上的矛盾。1952年中国的生产力落后，为什么要搞公有制，仅仅从生产力的角度出发可能解释不清楚。1949年新民主主义革命胜利后开始恢复经济，1952年开始社会主义改造，到1956年改造完成，实际上建立起了社会主义新的国家形态，然后通过社会主义建设，中国发展了。这个就是事实，我们的理论应该反映这个事实。中华人民共和国成立以来的发展顺序本来就是先有新民主主义国家，再建立公有制，进入到社会主义发展阶段。新民主主义是一种过渡形态，毛泽东早就在理论上说清楚了，这个形态是不稳定的，必然要过渡到社会主义，否则要倒退。1949年建立了共产党领导的中华人民共和国，要使新国家继续巩固下来，就必须有自己的经济基础，所以必须建立公有制。由于过去中国农业生产力落后，没有办法一下子国有化，所以，通过打土豪、分田地，搞了几年经济恢复，然后过渡到集体所有制。这个事实反映了什么？反映了我们是先有新的国家形态的建立，然后有社会主义公有制，包括国有和集体所有制，通过这两种公有制来发展生产力。这样一个发展过程，显然与过去我们理解的历史唯物主义一般原理不太一样。中国社会主义的建立和发展，始终是在共产党的领导和国家的主导下进行的，这是中国现实社会主义最重要的特点，与马克思理论上讲的社会主义确实存在重要区别。
中国特色社会主义实践和发展的历史过程表明，对于中国历史发展规律的认识，不能简单照搬照抄历史唯物主义原理。必须从理论上概括出中国特色社会主义道路的规律性，这就需要有历史哲学理论的创新。中国特色社会主义道路和制度的形成和发展，不是简单照搬马克思主义理论的结果，而是在马克思主义理论指导下进行了伟大的实践创造。这个创造的起点，就是新的国家形态的形成和发展，因此在理论上，“国家”作为一个范畴就应该纳入中国特色社会主义政治经济学理论体系中来。以前的各种理论体系，很多是在照葫芦画瓢，要么仿照苏联教科书，从所有制开始讲起，要么仿照《资本论》的逻辑，提出了各种不同的体系设想。实践表明，理论效果都不是很好。现有的社会主义政治经济学著作和教材，都还没有达到“系统化的经济学说”的标准和水平，理论上都是块状的，缺乏一条红线，逻辑性也不是太明显。所以，构建中国特色社会主义政治经济学理论体系仍然任重而道远。
这里我提供一个新的构想，以国家为起点，以经济与政治的关系为主线，中国特色社会主义政治经济学理论体系包括以下几个部分：
首先是“导论”，主要阐述研究目的、研究对象、方法和方法论、逻辑思路、学科性质和定位等内容。第一章“国家与社会主义”，主要阐述社会主义的国家性、社会主义的国家和社会、传统文化与西方文化、国家理论批判等。第二章“现代中国的政治与经济的关系”，主要阐述中国的政治制度与经济制度的关系。中国的经济制度与政治制度的关系经历了两个发展阶段，从政治挂帅到以经济建设为中心，最高层次是国家治理现代化。这一章还包括传统经济学和政治学批判。第三章“国家与两种公有制”，主要阐述社会主义国家的原始积累与两种公有制形式的关系，两种公有制之间的关系，还有对传统所有制理论的批判。第四章“国家与国有企业”，中国的国有企业问题离开了国家是讲不清楚的，用西方经济学和马克思的公有制理论也是说不清楚的，所以，必须从新的国家理论出发来理解国家所有与国有企业问题。在理论上主要从国家出发阐述国有企业的性质、国有企业的经济和政治职能、国有企业的内在矛盾、国有企业改革的方向和原则等问题，最后是批判国有企业私有化理论。第五章“国家与农村集体所有制”。内容及逻辑与上一章类似。第六章“国家与非公有制”，主要阐述国家与非公有制的关系、我国非公有制经济的性质、非公有制经济与公有制经济的关系、非公有制经济发展的范围和限度等问题，最后是批判非公有制万岁论。第七章“国家与市场”，主要阐述国家、政府、市场三者的关系，而不是仅仅讲政府和市场关系。最后是批判市场万能论。第八章“国家与收入分配”，主要阐述国家主导下的收入分配制度和收入分配关系，批判西方收入分配理论。第九章“国家与经济发展”，主要阐述国家发展道路、发展模式、发展战略、发展方式、国民经济现代化、国家现代化等问题，最后是批判西方发展经济学。第十章“国家竞争与对外开放”，主要阐述社会主义国家与对外开放的关系、国家竞争与制度竞争、世界体系和格局的发展变化、新国际主义等问题，最后是批判新帝国主义。第十一章“中国特色社会主义的发展前景”，主要探讨国家社会主义的历史地位和发展前景问题。
以上是一个非常大概和粗糙的思路，供大家批判。