不久前，组织的成员龙舌兰在满天堂做交易时，卷入了一桩命案，当时的名侦探毛利小五郎协助警方破了此案。组织怀疑小五郎可能对于组织的事情有知情，于是派了瞬去接近调查。瞬故意拜了小五郎为师，经过调查，小五郎是真傻，对组织的事情毫不知情，就连推理也是一个戴眼镜的小鬼，用小型麻醉针手表将其麻醉之后，利用神奇的道具发出他的声音，代他完成推理，侦破每一个案件的。
瞬窃听了柯南和阿笠博士的通话，终于明白，这个智慧过于常人的小鬼居然是那个高中生侦探工藤新一，想不到他没有死，被灌下毒药后身体缩小了。
瞬自己都没有十成的把握对抗组织，而柯南不仅身体缩小，对于黑衣组织更是一无所知，仍旧贸然想着如何对抗，明知自己的身份可能会牵连身边的人，却还住进毛利父女的家，这可令瞬大伤脑筋。他灵机一动，给国外的工藤优作打了电话，希望他和其妻有希子回来，整治一下他们那个闹腾又莽撞的儿子。
工藤夫妇回到日本后，假装坏人“绑架”柯南，柯南以为是黑衣组织的人抓他，吓了个半死，最后瞬站了出来说明真相，柯南才明白虚惊一场。
明美听完，当场大笑了起来，见她在笑，瞬忍不住放声狂笑。
柯南白了瞬一眼，想起了那次的事情，没好气地道：“这有什么好笑的？为了这种小事，你居然把爸爸妈妈叫回日本，还把我给耍了一顿！”
瞬皱了皱眉，手指重重点了点柯南的额头，说道：“这可不是小事，工藤新一在组织那边已经的死亡名单了，有时你却还敢用工藤新一的名字来解决案子，而且你对组织一无所知，手中握着不止是你自己的命，还有毛利老师、兰小姐、阿笠博士等人的命呢，不要看见组织的人就莽上去，还好那次龙舌兰被炸死了，如果他活着回到组织，发现鞋底装了跟踪器，你可知道后果？”
柯南沉默了。瞬又道：“还好上级派的是我来调查毛利老师，不是其他人，虽然组织没几个值得信任的人。不管怎样，你的事情我瞒了下来，以后你就要乖点了。”
“常守，我爸爸说过你的爷爷和父亲以前在组织当卧底，但是也没能瓦解组织。现在到了你这代，你却脱离那里了，摧毁组织的机会就更渺茫了，还有机会吗？”柯南神色忧虑地抬头问道。
瞬平静道：“不碍事，组织还有其他卧底，以及窝里反，我不定期会和他们联系。另外，有个会使某个老不死更加崩溃的家伙，也会帮助我的。”
“这么说的话，乌丸莲耶岂不是必败无疑？”柯南仿佛看到了胜利的曙光，两眼发亮。瞬向柯南、阿笠博士、工藤夫妇透露过，黑衣组织现在的boss是日本首富乌丸莲耶。
瞬沉下眉眼，斜了柯南一眼，摇了摇头，道：“乌丸不算什么，总之，摧毁组织，我还需要借助你还有阿笠博士的力量，如果可以的话，希望兰小姐……”
“不可以！说什么也不能让她卷进去！”柯南果断拒绝。
“随便你吧！那你要保证不能让她知道你的身份！”瞬耸了耸肩。
柯南望着明美，开口道：“明美小姐被组织杀过，确实不能让他们知道她活着，可是，不要忘记了，明美小姐抢劫过银行！”
“那是组织逼她这么做的，不然的话，她无法活命，你是不是因为这个，打算赶她走，让组织发现她，或者是被警察带走？”瞬皱了皱眉，双手叉腰。
柯南摇头：“不是这个意思，为了一起合作以及防止组织要明美小姐的性命，我是说明美小姐毕竟抢了银行，更加无法抛头露面，要是被认出来……”
瞬眉开眼笑，摸了摸柯南的脑袋：“不碍事，别忘了有你的老妈，有希子女士在，让她给明美小姐改头换面就行了！”轻轻侧头，看向明美：“很快你自己也会感到惊奇，等改头换面后，别忘了去医院检查。”
“去医院检查？到底怎么了？”柯南好奇。
瞬说起了明美中枪的事情，明美咬着唇，想说什么，片刻道：“知道了，谢谢你的好意！”
时间不知不觉过去，柯南的妈妈有希子来了，笑盈盈地和瞬打了招呼，亲了柯南的脸，他反而略略嫌弃。
有希子拿出了一堆工具，在镜子前为明美开始易容，把她易容成了一个银发红瞳，发尾带卷及腰，脸孔冷酷靓丽的外国女人。
有希子眼神得意，望着自己的精心杰作，薄唇露出一抹甜丝丝的笑，说道：“好了，明美小姐，睁开眼睛看看怎么样吧？”
谁知瞬急急忙忙地大喊：“不行！明美小姐，你不要看！有希子女士，你重新给她易容一次吧！”
明美纳闷，忍不住轻扯了扯唇角，瞬到底怎么了，听他的声音，好像很激动，有点好奇自己被有希子易容成了什么样子，但是听到瞬叫她不要看，她居然乖乖听话了。
“到底怎么了，常守？”一旁的柯南有点好奇。
“没……没事……”瞬勉强一笑，偷偷觑了一眼现在的明美，那段令他几乎自燃的回忆，差点又在脑海里浮现。
有希子只好重新给明美易容，瞬发现有希子把明美的额前的刘海留长，长刘海自然垂落挡住了脸，不露额头。有希子正准备给明美的头发染成栗黄色，瞬不满意，再次出声阻止。
“你又闹哪样？”柯南抽搐着嘴角，为老妈心疼，老妈精心想给明美改头换面，偏偏有个碍事的在指手画脚，浪费了她的一番心血和工夫。