然而，熹宗的死、魏忠贤与阉党的倒台，宣示着朝廷政局的大变动。
崇祯成为新帝后，经过一段时间的筹备，开始大规模地惩治阉党，昭雪冤狱，起用正人，为魏忠贤和阉党搅得混浊不堪的朝廷终于气象一新了。
这是崇祯在政治上的维新之治。
面对着更加严峻的辽东形势，清除阉党在边镇的势力，釐革天启后期宦官典兵、冒赏滥萌等弊政，起用有威望、有才能的将帅督抚，这成为崇祯初维新之政的又一重要内容。
崇祯初言路大开，毛文龙作为名副其实的阉党，又有着诸多不法行为，没了阉党的庇护，“人始敢言东江”，成为舆论的攻击对象是很自然的事。
崇祯元年正月二十四日，原登莱巡抚武之望奏“岛帅欺罔尽露事”，奉圣旨
“毛文龙拥布海外，岁糜重饷，着即奋力恢辽，以慰东顾，余勿苟求，移师盖套，还宜商酌行，已有旨了”。（《圣朝新政要略》卷6）
武之望章奏不见史籍，但据同年三月毛文龙辨疏则称有“通奴”、“贪财”、“好色”数款，所谓通奴是指天启后期毛文龙与李永芳往来之事，贪财是指“侵帑金、钦赏入己”，好色是指毛文龙等东江将帅在军中多蓄妻妾。
应该说，武之望指毛文龙贪财、好色确是有据，但是诬其天启后期通敌则为过疑。
二月十九工科右给事中潘士闻弹劾毛文龙
“职读春秋传，元帅三军司命，主将得人，则干城有寄。
故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池，而可以言智；奴来深匿穷岛，奴去仍言牵制，而可以言勇。
如毛文龙者，有谓各岛兵数自旅顺口及三山岛男妇二万，兵数仅三分之一；有当军六七年不见一文钱，更不知连年火药铳炮等物置之何地耶？
有谓往岁献俘，皆窃取各处援兵，以希重赏者；
有谓内监赍敕，稽查兵饷，犒赏五万，今文龙自知虚冒，转送内监，复以五六万金送内监，不点人马，差毛承录压送银鞘上舡，将舡底压破，令登兵下海榜取，不全，将登兵打死三人，淹死二十余人；
有谓文龙差徐虎臣领辽人千余，在鲜地采金，又差心腹张姓领辽人二千，在鲜地掘参，自铁山破，奴兵直入，此二项人尽被杀死者；
有谓文龙每年招降夷千人，俱改毛姓，养之内室，因铁山失陷，降夷欲内应，假以元宵赐酒，尽数杀之，假报新功者；
有谓文龙在海外，不问来历，但有渡海者每银十两，给引一张，即真奸细不问者；
有谓坑骗客商货本百万金，致含冤绝岛，不记其数，稍触其怨，捏作奸细，竟行杀戮者；
有谓见岛将做官日久，积有多金，寻事抄没，锢于太苍岛，仍将妻子给与人，若林茂春等可证者；
有谓文龙与四监结拜之后，对胡太监说‘人马散处在外，不便查点’，胡监笑云‘点甚么人马，只要替老祖爷做些功劳，多封几个侯伯，何愁富贵不久’。长挂一画像，头戴冕旒，身穿衮龙，手执圭，供一金字龙牌，写当今上公魏老爷，朝夕焚香礼拜者。
先是屡旨移镇概不敢命，可称跋扈。度其诡谋长技，不过以所糜军饷，辇金潜住长安，多方布置，为庇护地耳。
为今之计，姑赦其从前欺罔，令移镇要害近地，以功赎罪，可也。若犹然听其不移，毋论尾大不掉，漏巵无底，举朝之上，岂全无口耳鼻眼乎？况铁山已经失守，鲜地已失其半，如此伎俩，可称为长城耶？”（《圣朝新政要略》卷9）
《崇祯长编》卷6崇祯元年二月辛亥则载该疏之要“毛文龙岛兵不过二万，虚称十五万，贿通核馆内监，谄事忠贤，冒功糜饷，贪淫杀降，僭称钦旨，请令移镇要害近地，核其兵数，汰其冗员，下所司议”。
崇祯对潘士闻的奏疏，旨意是“毛文龙专阃海外，今已八载，粮饷器械转输不赀，近额皇赏辄开五十万，果有是实数否？这本说移镇要害近地，查兵稽将，及限兵数，尽汰冗员，省费课，实确然可行，余俱依拟”。
崇祯元年二月二十六日，奉御史范汝梓再纠毛文龙，奉圣旨“毛文龙受国厚恩，岁饷不赀，自当枕戈环甲，战奴西渡，或直揭其巢，或潜击其后，方成牵制。这兵额该部即着定其数，照数转饷，自崇祯元年为始，各捣屯以节制之兵兼议开屯，文龙仍往来料理，说得是。海外将领应听登抚统辖，方可约束该部，即酌议来说”。（《圣朝新政要略》卷9）
十月，南京陕西道御史陈必谦称“及举朝倚重毛文龙，时独公辅言其不足重轻，今其言卒验矣”。（《颂天胪笔》卷14起用《南京陕两道御史陈必嫌题为进述微臣被陷之并及官受诬之苦仰祈圣膝疏》）
崇祯二年二月，夏之令长子生员夏承为父亲被阉党冠以诋毁毛文龙名义逮杀而鸣不平“文龙孤军糜饷，虚张功伐，实国家一大蠹，今廷臣犹以撤还入告，奈何独以臣父之言为罪案？”（《颂天胪笔》卷20颂冤《原任四川道御史夏之令长男生员夏承谨奏为父枉死非刑奇冤莫白谨浙血陈情仰祈圣明俯赐昭雪以正国法以仲公道疏》）
可见，当时毛文龙不能牵制、虚兵糜饷、杀降冒功等等已是一时公论。
崇祯在潜邸时对毛文龙的功罪洞若观火，他的看法与舆论是一致的，我们从崇祯的诏旨便可看出这一点。
当他即位初，毛文龙的阉党同伙丰城侯李承祚上疏为其颂功，崇祯的旨意是“毛文龙牵制之关，部科道臣自有公论，何必浮谈市德？朕御极之初，曾几何日，而连疏渎奏，殊不谙事体，姑不究，以后不得烦扰”。（《颂天胪笔》卷1谕旨）
此事在朝鲜人看来意味着崇祯的英明。
如《朝鲜李朝仁祖实录》卷18仁祖六年二月癸卯载“丰城侯李承祚上疏褒毛将，极言其功巨赏微，显有欲遏移镇之议。皇上以‘浮谈市德’为教，兵科又参其狂噪，皇上之明见万里，于此亦可见也”。
又同卷仁祖六年正月己丑载，鲜王担心毛文龙此前多有诬陷本国之事恐难以暴白，奏闻使权怗称“天子在潜邸时，已知我国事情，少无信谮云矣”。
与弹劾毛文龙之罪的同时，移镇之说、清核东江兵马成为朝臣的议题。先谈移镇。
崇祯元年正月十九日，任职兵部尚书的阎鸣泰再次提出了据守盖州套之说，他认为盖州套具有联系两大战场的重要作用，应该让由觉华、登莱水师据守，以呼应正面战场和敌后战场
“盖套则据山为阃，依海为家，左呼则宁远应，右呼则东江应，进可以战，退可以守，我惟共此腹心，遂致首尾悬绝。今日不将此中断一着紧急粘接，欲求恢复，必不得之数也。
今必得以大将由觉华岛合登莱之师进取南卫，据盖套而居，东联毛帅，西应关宁，则首尾一心，合为一体。
敌欲东，则宁远陈兵河上，以牵其后，盖套因出锐师以袭之；
敌欲西，则毛帅耀兵江上，卷甲疾趋，以跋其尾，盖套亦出锐师以袭之；
敌欲南，则盖套拖塞以守，相机以战，而宁兵、毛帅各出锐师以袭之。
敌左顾右盼，腹背受敌，方且自救不暇，尚敢离巢以窥我哉？
然后，我徐由盖州，而海州，而辽阳，渐窥渐北，便可复吾旧疆，而广宁一带皆我囊中物矣”。（《崇祯长编》卷5）
崇祯的旨意是“卿前疏欲移毛文龙于盖套，着以内外大小诸臣商酌”。
阎鸣泰又奏毛帅已奉明旨事，奉圣旨“毛文龙住师东江，原以备牵制之用。然必真能制奴，方见成功。有如声息不接，粮饷虚糜，则孤军何济于事？
览卿前疏，欲毛帅移盖套，亦是封疆起见，卿既实一力担当，必有定算，但此举安危所系甚大，还与督抚镇道诸臣从长计议行”（《圣朝新政要略》卷6）
崇祯元年二月十九日，工科右给事中潘士闻请移镇，得旨“确然可行”。
二十日，尚宝司卿管司丞事董懋中“请撤文龙归，俾仍挂平辽将军印，治兵关宁”，得旨“报闻”。（《崇祯长编》卷6）
三月十四日，江西道御史袁弘勋上疏力赞阎鸣泰移镇东江之议，其理由是
“河东沿海之地，始于盖、耀，而迄于旅顺。其自辽阳来，必由海而耀而盖，虽间有岩岫小道，而险阻不能行军，故叶旺守金州，营田筑隍，为根本之计，马云守盖州，以遏纳哈出，遂不能渡，及自东而西，为马云所诱，尽歼无遗。
枢臣盖套策正合此。且以沿海为家，南通登莱，北通关门，皆片帆可渡，不但转输不疲，而近海肥饶之地，遗民故土，尽得以资屯而乐业，食不穷而兵自壮，然后合三面以攻之，而敌可坐困。此真不易之定议也。
至东江移镇之说，则有不容不详酌者。皮岛驻师，鞭长岂及马腹，而文龙去年亦原有移驻广鹿、长生之议，广鹿、长生去盖稍近，而于高丽不失犄角，最为便计。
以至东江兵号五万，虽未必尽实，而但令就中挑选若干，统以部下偏帅，进据盖套，此亦何说之辞？
再檄登莱抚臣挑兵若干由旅顺直趋金复，而关宁亦挑精兵若干，由觉华岛、右屯三路合营以图南卫，此真万全之胜算，而必效之画也。
大抵全辽失后，独幸沿海一带膏腴，不能收拾，而留以与我，我之兵河西守至右屯，河东守至盖州，则海滨尽为我有，脉络贯通，首尾呼应，而毛文龙亦得实见其功效。是用东江牵制之说，亦非守盖套不可。”（《崇祯长编》卷7）
崇祯的意旨“是之，令下所司议”。
同月二十五日，河南道御史范复粹上疏论及移镇，认为应分东江一半兵据守盖州套“诸臣每怀东顾之忧，因有移镇之请。臣谓兵饷宜核，移镇宜酌，诚熟计之。毛文龙何难移哉？
但数万生灵，谁非赤子，无处安插，必各据一岛，散而为寇，岂直登莱受祸，即劫朝鲜而生日本之心，东忧方大也。
臣每念东事，知守盖套之议无烦再计，然守盖套必先守南、北汛口，宜将文龙岛兵分一半于其子承禄以守讯口，以成南卫逼敌之势，仍令文龙驻于皮岛，以终东江牵制之名。度文龙父子必不秦越视而水火构也”。得旨“是之”。（《崇祯长编》卷7）
不过据守盖州套一说最后还是无果而终。
四月，兵部覆东江移镇疏言“东江一旅未可轻撤，但一应兵马、钱粮、将领俱应听登抚统辖，其屯田、移驻还着督师抚镇会议确当，登抚仍择风力司道渡海查兵数以定粮额”。诏旨“如议行”（《崇祯长编》卷8）
崇祯初这次移镇诉请的流产其直接原因是力主移镇盖州套的阎鸣泰的去职，不主张移镇、“力护”毛文龙的王在晋取代为兵部尚书，同时当时辽东督师王之臣也有异议，明廷内部意见仍有参商。
间接的原因是毛文龙坚决反对移镇。为了不离开这个安乐窝，他诡辩道不知盖套四围沙漠，无地樵苏，且隔海百里，粮草难继，此兵志所忌之地也”。
事实上，盖州卫战略位置相当重要，“控扼海岛，翼带镇城，井邑骈列，称为殷阜，论者以为辽东根柢，允矣”（《读史方舆纪要》卷37《山东八》）何来四周沙漠？辽东未失之前，海运转输基本上在盖州套和北信口等地收卸，何来粮草难继？如果毛文龙纯心灭敌，那么移镇盖州可以得到朝廷更好的军饷接济，又可以更好地安民兴屯，且可与山海关、宁远更好地犄角呼应，何乐而不为？正是因为此时的毛文龙己经“徒享富贵，无意进取”，为了不离开皮岛这个乐巢，他可以肆无忌惮地扯谎，千方百计阻扰移镇。
再谈清核东江兵马。
崇祯登基，九边分发皇赏银，毛文龙以十五万兵额报上，索要五十万两，明廷君臣对此颇为怀疑。
东江镇军饷天启六年额定本折五十七万，天启七年增加至一百万两（登莱兵饷、召买、脚价等费皆在内），这使户部官员倍感“接济无术”。
当时明廷财政已经非常窘困，不算逋欠，加派新饷正项杂项每年共三百九十万，但是每年关宁军饷出数已有五百二十余万，出浮于入如此，如何能再支给东江这百万粮饷？
势必只有缩兵就饷之法。这样，清核兵马钱粮不受核的东江镇以定额供应成为舆论共同的话题。
崇祯元年正月十九江西道御史张养题为元历伊始圣治维新谨效葛襄仰资末议事，奉圣旨“东江核定兵数以为饷计，俱酌确议具复”。（《圣朝新政要略》卷6）
二十九日，兵部一本为仰遵圣谕事，奉圣旨“东江兵数今登抚会同毛镇汇册报部”。
二月初六日，督师王之臣题东事结局事，奉圣旨“毛帅兵饷，作何查核，酌量该部查看议来说”。（《圣朝新政要略》卷7）
二十四日，河南道御史范复粹条陈海疆七事，中云“海外之兵宜核”，得旨“下所司酌议”（《崇祯长编》卷6）
三月初四日，兵部覆江西道御史张养疏言“东江之兵前凭使臣王梦尹之疏，是以开报一十五万，今欲再查的数，应听登莱抚臣就近差官渡海，将所解呈赏唱名给散，类册报部，庶免冒滥之弥，臣部不敢遥度也”。（《崇祯长编》卷7）
崇祯同意兵部的题覆，下旨令登莱巡抚差官渡海清核。
四月十五日，登莱巡抚孙国桢上疏陈六事，“一额定东江兵数，定数若干，按籍输师，其余尽发各岛屯种”，“有力者听其自便，无力者官贷牛种，初年免征，次年半征，三年全征，以安流移之众，以省输挽之烦”。得旨“下所司确议具覆”。（《崇祯长编》卷8）
兵科给事中张鼐延题为天开圣明边疆多故敬陈兵食剿抚事宜以裨安攘廓清大计事，奉圣旨“东江须得人清核兵饷，朕既委该督抚等官，权不中制”。
崇祯元年四月初，专理东江饷务户部员外郎黄中色奉命到皮岛点阅兵马。
黄中色“以都督缩坐绝岛为非”，与朝鲜问安使一见面便说“毛帅拥兵久住贵国，想必多扰害之事”，又固辞鲜王所赠礼物，鲜人“观其气色，则痛嫉毛帅，而辞不受，非有他意”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷18）
黄中色又声明“事关军国，秉公持正；如使博综核之名，而故与镇臣为难，以败牵制之局，是则欺朝廷也；如猫鼠其眠，以镇臣为奇货，而欲居之，而欲党之，则欺之罪更甚。总分谊所不载，亦且私心之所不敢出也”。
这样一位清廉铁面又对毛文龙不法早有耳闻的官员来清查兵数，毛文龙当然无行贿请托之可能。
黄中色每见毛文龙，“即以和气商之，而随以庄语折之，云‘当今三空四尽之时，佛首之金不可洗，针芒之铁不可削，势必汰冗员、去老弱，节一切糜，以佐国家之急”，对此毛文龙只是“拱手唯唯也”。
毛文龙拿出军册，中有六万二千余数，逐名清点则只有三万有奇，毛文龙解释说“尚有出哨者、设防者与夫屯种等兵，并悬岛阻绝之区，未悉传调也。”
黄中色于四月十三日具文上报登抚孙国桢称岛兵有三万有奇，请酌议题奏。
黄中色完事返回，于六月二十三日上疏称核实东江兵有三万六千余名，得旨“海岛兵数尚未确然，着速酌定应存实数，以便发饷”。
这次查阅实际上只清查了皮岛的兵马，未能遍阅各岛兵丁。毛文龙因而上疏辩驳“饷臣黄中色查简壮实堪战兵三万六千余名，此止就本岛各营所隶步伍之数也。若云从、铁山、昌城、满浦、猜、鹿、三山、旅顺诸岛，并出哨屯种等官兵，并未实核，遂不肯竟查阅之局，将虑无饷而兵哗难制耶？
臣业己戒令弗哗矣。将虑各岛未必听查耶？臣业己原同饷臣逐岛听查矣。今止阅皮岛兵丁，而各岛执不肯往，以一岛兵丁之数，谓各岛兵丁统在其中，昧良心甚矣”。（《崇祯长编》卷11）
毛文龙再次提出“各岛兵丁精壮者合计实有十五万余”可是这种将整个东江镇人口数冒充兵数的拙劣伎俩没有瞒过崇祯，故旨云“辽民避难屯聚海岛，荷锄是民，受甲即兵，难与内地佥募额饷相同。文龙宜乘机奋勇，著有显效，谁得以糜饷藉口，朕甚望之”。
五月十八日，登州海防道王廷试奉旨开洋航海到皮岛查核兵数，六月初八日在岛检阅。毛文龙又使出他一贯的阻挠点阅的伎俩，声称有警，派部将率军出防，以此为借口使道臣无法窥得东江士兵实数。
如他在《崇祯元年五月二十四日塘报》中说“据鹿岛副将王承鸾报称四王子发兵西去，欲往喜峰、一片石等路犯关是实，卑职随即传南北坐营中军陈继盛、袭正祥等，各调水陆官兵间，倏接登莱海防道王廷试起马牌，于五月十八日，出海査核兵数，相应扬兵待阅，事系紧急，不敢坐视，但营伍不敢尽发，止挑每营精锐一二百名，大营或百名，立督上岸，相机剿击截杀”。
王廷试不为毛文龙伎俩所惑，仍然坚持点阅。毛文龙还是老一套，一口咬定“原共有一十五万余，除在僻岛防守者分去大半，其所开经查，仅止六七万”，王廷试点阅皮岛兵称只有二万八千的部队，毛文龙甚感不平。
王廷试“极道东民疲困，帑藏匮乏，且劝之以忠君爱国之心”，毛文龙不敢多言。王廷试回航便以二万八千的兵数向登抚孙国桢汇报。
据《朝鲜李朝仁祖实录》卷19仁祖六年九月丙戌载，崇祯元年七月平台召对时，适逢毛文龙遣使献俘，崇祯召兵部尚书王在晋问曰“文龙献俘，似或非实。前者冒饷亦多，该部详查以闻”。
于是，黄中色、王廷试、孙国桢皆说“文龙有军二万六千，一年之饷，殆十余万，而不能收复辽阳一尺土，国家虚费至此，敕令兵部酌处”。
七月二十六日，孙国桢向朝廷汇报东江兵数，得旨“海外兵数既定，准运饷八万石，不得重累东民”
朝廷上下对毛文龙的虚兵冒饷早心照不宣，得知东江只有二万八千，并无毛文龙所说的十五万之众，一时间“岛兵之虚冒，久沸朝议”。（毕自严《度支奏议》新饷司卷2《覆登抚督师台省核定东江饷额数疏》）
兵数既定，派饷多少明廷意见不一。
新任蓟辽督师的袁崇焕认为东江与关宁为犄角牵制之势，“今日照该道裁定二万八千派饷，每兵照关宁一月银一两四钱、米一斛，岁该银十六两八钱，米六石。二万八千名，共该银四十七万零四百两，米一十六万八千石”。（毕自严《度支奏议》新饷司卷2《覆登抚督师台省核定东江饷额数疏》）
袁崇焕的意见是比较有人情味的，东江士兵出生入死，捣袭敌后，是应该与关宁同等待遇，这样才能“鼓牵制之气”。
但是朝廷的科道官认为东江兵既然只有原报十五万的五分之一，那么按兵算想，饷应该也是旧说百万的五分之一，即本折二十万足矣，又说东江根本不能牵制，那么就不能依关宁例厚养。
崇祯旨意是按照袁崇焕的说法给饷额，但是户部认为“东江之役，八年于兹，羞尔奴酋，若不知有所谓牵制者，乃其兵以十五万为名，想已本折百万为额，非举朝累牍叩阍，道臣扬帆出海，侈口虚张，终何纪极”，为了节省计，户部议定每兵月饷银七钱、米一斛，共本折一两三钱，一年兵饷本折共二十三万五千二百两、米一十六万八千石，“较之关门虽若不足，例之各边，似为有余”。
十一月，“户部覆道臣王廷试核实东江额兵，仅二万八千，原无十五万之数。就兵额饷，通官俸布疋花红廪饩运价，每岁该银三十五万四百六十两，米十六万八千石。登饷二十万已报裁六万六千余两，应扣支皇赏十五万两，只应给五万六千两，余银四万四千两，充元年折色”，得旨“俱如议行”，又说“毛文龙宜从新策励，实图报效，不得但以牵制虚声，藉口塞责”。（《崇祯长编》卷15）
东江兵饷已裁减如此，朝廷的舆论还以为不够，所谓“第闻舆论多有未协，云冒滥如初”，“窃闻在朝舆论尚有以臣所定之数为浮溢者”。
在他们看来，“东江之冒滥，人人而知之也”，“东江兵饷冒滥，举朝皆为不平，而核兵可以节饷，此正人人瞩目之时也”。
他们尚欲将兵饷裁减至月饷本折一两三钱之内，崇祯的意思是“毛文龙果能扼要捣虚，著有实迹，朕何靳此钱粟，以养战士，且策后效，不必会议再减”。（毕自严《度支奏议》新饷司卷2《乞敕覆议再减东江额饷疏》）
饷额既定，崇祯命从崇祯元年起按照新定额数解发东江军饷，但是“天启七年以前所运发者，举朝犹以冒滥有遗议焉”。（毕自严《度支奏议》新饷司卷4《题覆东江改运道设饷司疏》）
舆论方主裁减，而毛文龙却又差官蔡承薰、朱良佐入京，咨文户部，要求清理旧欠，“合找支运价等项，粮饷一十六万七千七百余两，及该找尖耗晒飏米七万五千余石”，又索天启七年所欠南北官俸粮并京库欠饷共三万七千二百余两，甚至声称累年积欠客商粮货至二百零七万九千余两，请照数补解出海。
户部尚书毕自严上疏诉苦，崇祯的旨意是“岛兵已经裁定，发饷务照新额，不必议找旧欠”。
崇祯元年九月，毛文龙接到户部札付的河南道御史范复粹奏本为海外兵想宜核奉旨往查宜确等事，该奏本奉圣旨，“海外额兵给饷，颇属救弊良法，俟道臣王廷试回日覆奏行……毛文龙虚糜岁饷，报国安在？着回将话来该部知道”。
毛文龙上疏开列历年所收粮饷，又极为自己冒滥叫屈
“如年来本折四十万，南兵辽兵，均藉其食。至于赏功抚夷，买修船只，种本、马料、皮张、火器、盗甲、弓箭之类，皆在此本折四十万内，而不比腹内各边额兵额饷、行粮月粮、马匹草料件件按月给发同也。又不知虽有本折四十万而不得三十万之实用。
粮船遭厢，每年定坏二十余只，或有人船俱没者，或有船没人存者。既经报查，不得不怜其流离困苦，出与实收，其后运。且有奸弁侵渔，或有领饷买办军需而辄花费，甘拼此身打夹追者，莫不在此本折数内。
至于海外衣食，无一不贵，大米一石价值二两五钱，青布一尺价及四钱。咬薑呼醋，何等辛酸！一时边报紧急，粮饷不至，只得将脸面向客赊借米麦。
赴敌擒斩有功，又要设法犒赏，以为戮力者之劝。边例活擒达贼一名，赏银一百两，斩级一颗，赏银五十两，臣镇八年，斩级活擒计约一万有余。若循边例功赏，又不知省朝廷几许金钱矣。
然臣之苦心如此，焦劳如此，省费如此，偏不见怜于廊庙，而反受冤于冒滥也……今春饷部黄中色至岛，极论粮饷艰难，劝臣汰兵，仅以六万余报道臣王廷试查阅，又逼臣汰兵发过山东，且复削至二万八千矣。
向臣自据目前十五余万之众，口口以钱粮为少，独庙堂不信兵多，言言以钱粮为费，无异为市争价，两不相下，交易终无成日。此臣只以此心求天知声明知，不敢向人复辨一语”（《东江疏揭塘报节抄》卷7《崇祯元年十月二十一日具奏》）
先是崇祯元年十月毛文龙塘报刘兴祚归降，称有“二十余万之精锐”，崇祯深为质疑。
崇祯二年四月，毛文龙移咨登莱道臣王廷试称要求东江兵饷必须按关宁之例，决不可减
“东江数年以来，兵口数向无定额，贵道奉旨额定二万八千之数也。又见户部题覆督师疏题东江兵二万八千，派饷依照关宁，每兵一月银一两四钱，米一斛。户部覆疏每月银七钱、米一斛，不依督师议照关宁为例。本镇揣辽事，委可担当，定额无容再议，而粮饷必须照依关宁，丝毫颗粒决不可缩，饷额恢复事不容缓，马匹、火药、器械又更急于星火”
闰四月，毛文龙上疏辨冒饷
“当事者但知文墨议论，不俯念孤臣支吾之苦。
其司计之臣，复借名色应付，以水脚运价，俱作实给之军需，自八年以来，共收本色一百二十万八千有奇，折色一百四十万一千三百余两，名实不相应。
日夕作饅粥苟全性命，一切米豆布帛之类，不得不转贷于四方之商贩，俟饷到而偿之。而岁饷竟无音耗，部中所少臣之饷，应找尖耗晒飏本色七万五千有奇，折色一十六万七千七百余两，又不给发。
夫部中发饷，有移文在，收饷有实收，此纤毫不爽者。其间或有部己发而未收，非吏书之奸弊，即解官之侵渔，甚有那辏别用而不补解，奈何以军国重务，付之说鬼说梦之场哉！
且一兵给月银一两四钱，米一斛，此定额也，乃计部有一军减半之说。臣以为同一兵士，而东江与关宁两视，不知作何主见？
臣部之兵，倡义原有数十余万，一裁之词臣姜曰广、科臣王梦尹，为十五万，再裁之饷臣黄中色，为六万。以收过本折，分散历八年之久，军有余资否？
况众兵将领绝无廪俸，旦暮需用，亦藉此数。臣百计那贷，以救残喘，臣之心血尽矣。
至崇祯元年，道臣王廷试点阅，又裁以二万八千。即二万八千之食，又不随时发运。且忽出禁海一疏，运粮不至，八月竟无颗粒之颁，臣岂有点石之术哉！”（《东江疏揭塘报节抄》卷8《崇祯二年四月十八日具奏》）
五月，毛文龙再次上疏辨冒饷
“臣受钺三年（应为九年），危处东江，归乡人民，每岁不啻万计。臣亦忘形迹于将士之分，秉心戮力，以答国恩，故兵称二十余万。岂臣欲报多数而冒粮饷乎？亦欲得甲士之用耳。
孰料庙议纷绘，今言臣报数之多，明日言臣无厌之求，以致先帝惑听，遣词臣姜曰广、科臣王梦尹，诸岛点阅，减报一十余万，使臣东那西借，剜肉医疮，而议者尚以冒饷劾臣。
且臣原籍旧居，止存四壁，今驻皮岛，屯兵安鱼，与士同栖，冒饷何为？冒饷何用也？及登莱道臣王廷试奉旨汰兵，将各岛哨守兵士俱不点阅，只将皮岛官兵一看，定为二万八千。此亦不揣朝廷恢复之计，止钮目前乏饷之算耳。以臣枵腹之卒二万八千，而欲取胜数十万之众，使天下人闻之，畴不笑臣之不能料敌如此，国家之误用微臣如此哉！
但臣一介末弁，孤处天涯，曲直生死，惟命是从，敢哓晓取憎哉！究其根，实文臣之误臣，而非臣之误国也。
昨接登莱道臣来书，云今岁钱粮将往年多领者扣算，然臣以十余万之众，而受四十万之饷，今反以二万八千为额，复将上年钱粮扣算，必欲速堯数十万之命，此何心也！
即道臣王廷试覆称汰去老弱止存精兵二万八千，宜于元年六月为始，而元年六月之前未经汰去者，皆不费衣食之土偶乎！还将食过之军刳腹取之乎！可令今日之军封口坐鋳乎！计部必欲杀臣，此臣之未解也。
再议每兵每月本折一两三钱，较之关门虽若不足，例之各边似为有余。臣处东江，原为关门牵尾，关门接壤神京，每月一两四钱、米一斛，尚不敷用，况东江悬海，风涛回测，百物腾贵，而反议每兵银七钱、米一斛，使各兵肯安心东江耶？
诸臣独计除臣，不计封疆，操戈矛于同室，此臣之益未解也”（《崇祯长编》卷22）
东江接济之难、海外衣食之艰确如毛文龙所言，然而事实上藉由虚兵冒饷，东江军镇中上层武将的生活是富贵而逍遥。
道臣裁定的二万八千实为皮岛所驻守之军，合计各岛的驻防兵，东江军队本有四万二千人，朝廷就此皮岛之兵额裁减东江军队，又将士兵月饷银由一两四钱裁减至七钱，是明显有过遏的成分，毛文龙愤愤不平是有理的。
但是他固执地要以全镇十五万的人口数来开报兵数，支给军饷，屡屡以乞休去职要挟朝廷，这种不体谅朝廷难处、只图敛利自奉的心思早已为舆论看穿，如崇祯二年四月兵科给事中陶崇道上奏称
“盖听裁兵于握兵者，不肖者有十不欲，即贤者亦有十不欲。臣今请得而悉数之。
兵多则饷多，便于侵匿，一也；兵多则人多，利其逃亡，二也；兵多则数多，难于查点，三也；兵多则官多，易售情面，四也；兵多则将多，具米筐篚，五也；兵多则番多，便于买间，六也；兵多则事多，易生旷役，七也；兵多则马多，易藏例死，八也；兵多则匠多，易充造作，九也；兵多则力多，易挟法纪，十也
……自数十年来，威令不行，而懦将以添设为能事；大言恐吓，而疆吏以增饷为令名。庙堂之上，略不主持，一二从之。当其初创，即曰奇勋；及至议裁，便称怪事。重己极而不返，遂至今日
……毛文龙牵不成牵，制不成制之师，谓非十五万不可。自道臣执定二万八千，而所裁有奇，至今不可张喙。
一镇如此，他镇可知。当行文毛文龙，令其自汰，肯少一人乎！此前事之验也。伏乞垂鉴施行”。（《东江遗事》卷上《援辽功绩》）
当时，崇祯召对群臣于平台，拿起陶崇道的奏疏，指着疏末讲毛文龙的话，问首辅韩爌，韩爌奏“裁得甚好，做得稍迟”；
又问陶崇道“如何各处不肯裁”；
陶崇道奏“臣原说不肖者十不肯裁，即贤者亦十不肯裁，须在上边汰去”；
崇祯看着辅臣说“陶崇道说‘不肖者有十不肯裁，贤者亦有十不肯裁’，此语甚是”（《崇祯长编》卷20）
显然，崇祯和明廷的阁部大僚对于东江裁军一事立场都是坚定的。
而毛文龙屡次反对裁兵的行为只会使他与明廷的关系愈发糟糕，所谓“惟是总兵毛文龙举动，近来多不厌人情”。