天启七年七月，毛文龙上疏愤诉不平五事
“招抚辽民，挑其精壮入伍，老弱屯种，竟成一旅之师，以抗强敌，今使之食不充腹，衣不遮体，空拳赤足，冒死生于锋镝之下，较之内地逍遥自在，高坐糜饷者，其苦乐自分，不平一也。
宁远月饷一两五钱，内丁二两四钱，加以食米五斗，又叨皇上恩赏，不一而足。乃海外南官，七年以來，未徼半年之俸，数百万兵民取给于天津、登莱二十万之米，其中多有漂失而浥烂者，山东二十万两之银，复有侵克，手臂腹心虽肥瘠有分，皆是血肉，何独于关上加厚，而海膜视乎？不平二也。
旅顺、石城一带，为津、登门户，设将严防，尚有前车之覆。都司徐敷奏煽惑军心，旅顺参将李鑛烧粮投械，夺船以逃。继而石城岛游击高万重、都司高应诏、宽奠营游击郑继魁与弟继武等，亦遁，不夺其魄而且复其官，纪律之谓何？不平三也。
臣孤忠自许，可对君父而质鬼神，乃有谓臣为安史者，臣生虽受之，死岂瞑目？不平四也。
今春攻铁山而至云从，以死守死战立功，自幸可收桑榆之效，乃又谓臣退居云从，不用一矢相加遗，此何说乎？不平五也。”（《东江疏揭塘报节抄》卷6《天启七年七月初十日具奏》）
东江海运接济之艰难、兵士待遇之不公平确是如此，武之望指毛为安史确属过分，丁卯之役毛文龙并非毫无抗金之举，逃将西奔是有该处分地，毛文龙所说的不平是有一定道理的。
但是诬陷徐敷奏、掩盖铁山须弥之失和自己的虚兵冒饷，毛文龙的说法也很有问题。
此奏出于七月初十日，明廷接奏奉旨之时正是九月初六日。
崇祯刚登基就看到这样充满谩骂语气的章奏，其心情可想而知（毕竟不是每个皇帝都有明熹宗的好脾气），但是碍于当时形势，崇祯只能用温旨答覆毛文龙“文龙远戍孤悬，倍尝艰苦，屡建捷效，心迹自明，东顾方殷，岂得乞身求代？还宜益奋义勇，多方牵制，以纡朕怀”。
一月，毛文龙又上疏向朝廷桀骜索饷
“向使朝廷早能信臣，粮饷器械一如关宁之凑手，奴早灭，辽早复矣。奈何疑信相参，忌谤叠出，屡加温旨，屡畀事权，一似尝试羁縻为事。
吃紧莫如粮饷，终吝慨发，是以臣之牵制奴者牵制臣，封疆之重，几何而不以岁月迁延误耶！
今年内臣出镇，乃始允百万额饷之请，然必洗刷常套，方克有济……百万之饷，必须一顿给臣，即乘一餐之饱，尽一时之力，自可成功。若零星，若转折，若不及时，局散功隳，一口担当，臣固不能自必矣”。（《东江疏揭塘报节抄》卷6《天启七年十一初十日具奏》）
崇祯的旨意是“该镇劳苦海外，朕甚念之，今内地粮饷俱已陆续发解，况海天寥阔，岂易一顿而止？但当严禁运官侵渔，务令饥军果腹，至于兵额几何，月饷几何，该镇还具数开报，以待进取”（《崇祯长编》卷7）
在朝廷参劾声不断的情形下，崇祯元年五月，毛文龙请诣阙直剖心迹
“臣势处孤危，动遭掣肘，功未见其尺寸，怨己深于寻丈，而皇上知之否？
中外臣工于兵家奇正之法、彝地山川之形，或未深知，故人持一论，终非煞着。惟臣居辽日久，探讨独到，无奈地隔天寥，笔难代舌，而皇上知之否？
属国残破之余，缓急无望，一应接济，合于夏秋两季，及时顿给，以便转运，其间裒益调剂，厥有权宜，而上知之否？”
据《崇祯长编》称“其他语多桀骜”，对于如此毛文龙，崇祯只能又是温旨“毛文龙本以义勇简任，东江数年苦心，朕所洞鉴，人言何足置辩？报闻”。（《崇祯长编》卷9）
毛文龙这种毫无人臣之礼的行为在当时域内域外都深感担忧。朝廷“诸文臣视东江为赘旈”，崇祯的担忧也不减于群臣，据袁崇焕称，“皇上之忧毛帅久矣”。
崇祯元年召对时，崇祯曾“历数东江拒命”，又曾多次召问阁部密谈东江事。
据《东林列传》卷17《韩爌传》记载“二年正月，上以边警，召爌及吏部尚书王永光入对平台。时廷臣颇忧毛文龙跋扈，袁崇焕锐欲除之。上因与爌等造膝密语，左右莫得而闻也”。
又据《公槐集》卷3《讲帷记注》记载，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。
兵部尚书王洽与辅臣钱龙锡因而就毛文龙事修书“往复商榷”于督师袁崇焕。
《朝鲜李朝仁祖实录》卷17仁祖五年十一月辛已载，“且问于张大秋，则皇上崩逝的报已至云，而都督设宴用乐，少无变礼矣”。
同书卷19仁祖六年甲辰载，鲜王说“文龙与禽兽无异。至如皇帝之尊，亦无所畏，不可以礼责之也”，又说“观毛之意，已著跋扈矣”。
毛文龙之所以敢于以强硬的姿态回击明廷，甚至敢于不畏皇帝之尊，既和他狂诞悖傲的个性有关，也和他已自成势力、重兵在手很有关系。
如《续杂录》载“都督性度躁急，喜怒无常。爵位隆重，气焰炽张，自以为人无加我”
《乱中杂录》载，崇祯元年十一月，毛文龙对朝鲜译官说“我是天朝都督，便宜行事，一人之下，万人之上，是何怕人”，朝鲜译官称“其言尤为悖傲”
《春坡堂日月录》载，“文龙恣虐日甚，时称海外天子，部下诸凶，肆害尤甚”。
当时明人也有记载称毛文龙为海外天子，如甘肃巡抚梅之涣给袁崇焕信中称“海外天子，内币百万，金钱尽入私橐，领兵毛姓皆其腹心”
袁崇焕称“人臣不宜犯无将之戒，文龙刚愎撒泼，无人臣礼，前后章疏俱在御前，近且有牧马登州，取南京如反掌等语，大逆不道，三当斩”，这并没有冤枉毛文龙。（《崇祯长编》卷23）
除了言语上对皇帝不敬，更严重者竟有违制擅离信地，拥兵于登莱事。
崇祯元年五月，“内官王国兴称密旨召毛文龙，踪迹诡秘”，“上谓初撤镇使，未尝轻遣内臣，命逮国兴下狱论死”，当中必有隐情。（《国榷》卷89）
同年八月，毛文龙以漂风为名，突然间至登州夏家疃上岸，而续到诸船游戈于登莱洋外，登镇军民为此惶恐不安。
此事在当时引起了很大的震动。
而毛文龙又砸毁了与自己有矛盾的登莱总兵官杨国栋的功德碑，故八月二十二日，杨国栋愤而上章弹劾毛文龙十大罪
“专阃海外，八年糜费钱粮无算，今日言恢复，明曰言捣巢，试问所恢者何地，所捣者谁巢。凤凰城、汤站等处若有一人守堠，不致铁山陷失之惨，罪一。
设文龙于海外，原为牵制不敢西向也，数次过河，屡犯宁锦，全不知觉，牵制安在，罪二。
东偏接境朝鲜，辅车相依，乃日以采参掘金，大肆扰害，鲜实不堪，致生携贰，罪三。
铁山既失，鲜半入敌，伤残属国，失律殒师，罪四。
难民来归，冒充兵数，或任填沟塾，或仍罹锋镝，掩败为功，罪五。
皮岛孤悬海中，非用武之地，去岁与内臣合谋，请饷百万，竭民膏血，以填苦海，罪六。
零星收降，捏报献俘，假造谩书，欺诳朝廷，罪七。
私通粟帛，易敌参貂，藉是苞苴，为安身之窟，罪八。
通商接济，事出权宜，坑商货至百余万，怨声载道，死亡相继，罪九。
岛中辽民总凑应点不满三万，欲冒皇赏，册开十五万，从前侵克钱粮，不计其数，罪十。
至如奉旨移镇，竟若罔闻，奉旨回话，绝无应答，煌煌天语，视如弁髦，此等滔天之罪，尚可容于尧舜之世哉。
更有异者，文龙近以漂风为名，突至登州夏家疃上岸，续到多船，见在登莱沿海窥探，不知意欲何为，大将擅离信地，律有明条，虽地方严为之备，然村野之民一时鸟惊兽骇，莫知所向矣。”（《崇祯长编》卷12）
杨国栋的弹章虽存在抹煞毛文龙之功的问题，但是关于毛文龙之过大多数是属实的。
由于它的爆炸力太强，必须谨慎处置，所以崇祯“不报”。
但是，毛文龙得知杨国栋弹劾自己，也上疏弹劾杨国栋贪婪扣克。
毛文龙擅入登莱事，登莱巡抚孙国桢是毛文龙乡人，为其弥缝。明眼人一看其中必有猫腻。
故兵科给事中许誉卿于八月二十四弹劾毛文龙擅离洵地，潜入登莱，责令据实回奏。得旨“从之”。
二十八日，户科给事中瞿式耜弹劾孙国桢袒护毛文龙“至以同乡故暱比毛文龙，一如俞咨辜受其馈献，殆无虚月，任文龙冒饷欺君，即如擅离皮岛，闹入登镇，此军机重事，何不入告，仅以一二塘报涂饰中外耳目，岂香火情重，封疆念轻，知参貂之饵而不顾猫鼠之眠耶？登莱何地，可令贪黩之夫滥节旄也”。孙国桢遂被罢，后名列逆案。（《忠宣公集》卷2掖垣疏草《先剔遗奸疏》）
十二月，明廷接到毛文龙的辩疏，只见其中称岛兵闻汰心咸忿惋，入登莱一事是因为飓风所飘
“臣随于本月十六日，调各官营将领点验船只，亲往沿岛慰喻群心，分遣老幼屯种，因而擒拿海洋大寇。
至七月十五日，臣自旅顺回长山，副总兵毛承禄报称‘敌准于二十二西抵关宁’。
臣一闻言，不觉心胆俱碎。随传令各岛将领，挑选步卒分路截杀。臣亲督精兵，随带沙唬等船五十余只，扬帆旅顺，直抵三岔河，步敌之来路而截杀之。
不意一路逆风，于八月初二，铁山嘴开洋遇东北龙风大飓，臣所坐船，桅斤舵俱折，阽荡四日四夜，命悬顷刻，各将船只绝无影响，臣飘至黄县海都县地方，距登州四十余里，稍得憩息，危而复安。
登州抚臣孙国桢、道臣王廷试、差官延臣进府，问以敌可灭否？臣犹慷慨自许。
臣在登一日，即出海东去，忽报各将之船，有飘至黄河营者，有八角口者，有威海、文登等处者，甚而飘然至桑岛寸枝，而官兵半失者。
是一役也，意谓敌来截其进路，敌退堵其归途，首尾互击，敌在臣掌中矣，乃至坏我战艘，溺我战士，岂天心未厌敌，故不使臣计得行，一至此哉！”
最后又谩骂朝廷当事者
“总之，庙议如尘饭涂羹，无当于实用，仍复筑室道傍，以致边将迄无成功，坐此弊端耳。
皇上英明天纵，熙熙皞陣，正当极盛之朝，乃复有如鬼如蜮，妄造谤言，以渎圣听，而镇各敌边任事之心，诛不待时者也。
望皇上独断乾纲，毅然自任，不使班言乱听，则众将肝脑涂地亦所甘心，灭敌特易易事耳”（《东江遗事》卷上《援辽功绩》）
拥兵骚扰登州的举动竟被毛文龙扭曲为截杀敌兵的义举，毛文龙的这一弥天大谎有朝鲜和明朝的史料可以证伪。
《续杂录》载“今秋往登州，乘其不意恐喝，军门以下无不畏慑。又打杨总兵功德碑，以快陷已之愤”，又载“毛有简、毛世科、沈世魁若干深见宠信，有简往者跟往登州，纵臾作孽，无所不至”。
这里所说的杨总兵即登莱总兵官杨国栋，崇祯元年初与毛文龙互劾谄附魏忠贤，故毛文龙愤而为此。
《荷潭录》载“先是戊辰文龙领兵到登州，出其不意，劫制守将，夺其物货而归，大以为幸”。
《东江遗事》卷上《援辽功绩》载江西道御史毛九华称“夫擅离讯地，法令所禁，称兵内向，臣子大戮。文龙何人，敢公犯之！其初至登也，曰飓风之飘没，迨风恬浪静，日涌潮空，可以归兵，而舣舟海桥，潜指登城，夫复何心？无乃指山川，观形势，将欲勒石太山，饮马淮泗乎？此其心，路人已知之”。
不法已经如此，但是对于完全呈现出割据跋扈之势的毛文龙，崇祯只能“勉慰之”。
与此同时，又收到毛文龙声称被冤枉的奏疏，中道
“职将所发粮饷制旗峡，整弓弯，备器械，造火药，今日捣巢，明朝堵截，数年间屠杀万余奴，献俘数十次，章疏昭然，此中外共知者也。职多方拿谋，广结设策，惟赖兵应饷从，庶几取效于一朝者。
畴料人心欹变，议论乖张，不顾职之异域苦楚，反云职之无功冒饷。差官吴宗武、韩文翼、毛应时者，厚赂权要，曲护灭法，至今四十四万之饷，尚无着落，而反捏职以叛逆之疏，嚼血污人，窃因无米难炊，终年袖手。
继蒙翰林姜曰广、阅科王梦尹见职兵多乏饷，议江东与山海一体给发。职引领颙望，倘得圣恩垂允，或恢辽有日。讵知庙议纷绘，辄又终止……未几，而登镇杨国栋欲谋东镇，多造无根之谤，遍栽好事之门。气填胸騰，坠马成疾，故职四疏乞骸，不能终于王事耳。再兼有一二当道者，嗔职不认得之语，此节苦衷，更可原焉。”（《东江疏揭塘报节抄》卷7《崇祯元年十月十三日具奏》）
对于毛文龙的话，崇祯的旨意是“勉其竭力图功，人言自息，不必置辩”。
崇祯二年正月，有的不明东江真相的大臣为毛文龙说情
“而文龙一二年，招集逃民八九十万，纪纲分配，散居各岛外，而笼驭朝鲜，资其饷馈，内而招集商旅，括取锱铢，零星屯种，谦谶鼓铸，以佐内地输輓所勿继。
凡此皆苦心戮力，自营自办。而迄俘斩甚多，挫衅未有，此其发迹梗概亦甚奇矣！
而所最难者，当魏忠贤擅权，督抚节镇，称诵建祠者比比，而文龙耿介自守，不一濡足。
今历按东江章疏，有一言半辞，容影响文致否？可不谓今天下一奇男子哉！
乃近议所求于文龙，多有不可解者。东江实收，自二年至七年，共银一百五万有奇，米豆杂粮共九十余万石耳，犹纷纷责其虚冒。
然则关宁一镇，五六年来，每岁用银三百力，米豆一百三十万，兼之内帑不时给发，何尝忧乏绝而致鼓噪耶？其不可解一。
文龙报有实兵十五万，前后解献俘级不啻万余。论者以为俱难凭信，独计鸟飞兽骇之余，生聚儿何？令其今馘输款数千人尸诸市，明日俘无辜数百人献之朝，人谁与我？且所厲岛屿二十余，浩渺二千余里，非得多兵，何以联络策应，进战退守？其不可解二。
敌至宁远，罪文龙不能牵制。按文龙于敌未至宁远以前，已侦得其情，报关宁早备。当敌甫至宁远之，即悬兵千里，攻袭海州、沈阳以分其势，或亦力止如斯而已者，而论者咎之不已。然则宁远破衅敌兵后，敌仍往觉华、右屯，不可谓赵救不便。当敌兵袭破朝鲜，文龙率兵往救，分路要截，困之远地，文龙困，急檄关宁往捣其虚，不可谓进剿亡机。迄不闻遣一旅为诸路声援，而所望于文龙独若是奢乎？其不可解三。
谓东江为扼要，而文龙果才耶，宜重其任。不然或裁其镇，或更其人。今俱不可，而止裁减其饷，是委为敌饵身。且文龙妻子久已归杭，倘亦王翦多请田宅自固之意乎！而犹虞尾大不掉。其不可解四。
要之，事之真伪，具悬海外，总不能确有所据，只拙指自三韩溃陷，所为土地人民安在？所在衙舍、营房、船只、马匹何有？而文龙何以崛起当年？何以坚持至今？未得一蒙推论。
乃今核其虚兵冒饷，明日戒其不得以献俘、牵制塞责，独计文龙止此精力智计，舍献俘、牵制，将何凭报称，而如遂望其捣归敌巢，岂兵二万八千，岁饷二三十万所克庶几哉？
而文龙亦既屡疏称病请退，不胜愤懑之甚矣！灰壮士之心，而塞功名之路，莫此为甚。
臣愚不肖，窃谓天地生才甚难，明主宜急乘其锐气用之。上必欲恢复三韩，宜立召文龙面陈方略，度用饷若干，期日几何。
臣敢保文龙才足办此，如用而不效，甘与同罪。而或疑文龙跋扈不受召，噫！此非但不识文龙义不为跋扈，并不量文龙势不能为跋扈者矣！则臣又敢出三子一孙为文龙保任耳！”（《忠义录》卷7《表忠录》）
该疏作者徐尔一时任工部主事，崇祯元年七月曾上疏为熊廷弼诉冤，可以说是一位正派人士。细查疏奏的内容，我们不难看出其说法基本上是本于毛文龙的塘报奏揭，对毛文龙功过了然于心的崇祯看到这样天真的奏疏，结果自然是“帝不听”。
再看看崇祯初毛文龙在皮岛的所作所为。
据《续杂录》记载，崇祯元年十二月，毛文龙接伴使赵希逸入皮岛探查毛营情形，向鲜王汇报说“掠夺我国货物，中原贾人牙侩钱姓人亦为拿回，累月监禁，待明春，责惩十万两银子，听诺然后保放。……少有憎怒，辄夺朝署，减削月俸，或棍打籍没，不经题奏，被罪之人或有行乞称冤，以此人心愤怨。”
《朝鲜李朝仁祖实录》卷18仁祖六年四月戊午载“第以岛中形势言之，则将佐离心，蓄怨已极”，即指毛文龙的治军无道。
又卷20仁祖七年三月癸未载，从皮岛归来的特进官李景稷称“毛之军势疲甚，其意只欲安坐岛中，享其富贵而已，似无他意矣。其其所为，少无可观。虚张军数，多蓄妇女，每上伪功。辽民之避乱者，无所归依，不得不来附，而其心则不服矣。且其习阵之时，号令无法，士卒或有过，则必打其面，安有如此军律乎？”
军律不当，军队战斗力当然很差。如鲜王问“观其兵力、器械，则可以用之否”，答“不可用也”。
且有收养降人以待斩杀冒功事。如《乱中杂录》载“真鞑降者，都督资给优厚，以此降者络泽，其数千余，而散处各岛者，亦近千人，皆勇猛精壮，人言前后降鞑甚多”。
《续杂录》又载“前后降鞑，其数甚多，都督要用献功，斩级以送，渠等久未觉悟云”。
将朝鲜人的记载与前引的工科右给事中潘士闻弹章中的内容一比，可知毛文龙坑骗杀害商人、肆意拘禁抄没部属、杀降冒功等罪状都是确有其事，袁崇焕并没有冤枉他。